隋唐时期书院的起源与萌芽
“书院”这个名称，最早出现于唐玄宗开元年间，唐玄宗命马怀素为修图书使，设乾元院，后改称丽正书院。开元十三年（725），唐玄宗召集学士饮酒，当众宣布：“朕和众贤士在这里饮酒欢乐，就叫集贤吧。”于是，丽正书院就改称叫集贤殿书院，收藏图书达53915卷，分抄正副二本藏于长安与洛阳之集贤殿书院，这时的书院是皇室编、校、典、藏图书的地方。它虽然也聚集了一批学者以备朝廷顾问，偶也为帝王讲学，但与后来具有学校性质的书院相比，有着明显的区别。正如清代袁枚所说：“书院之名起唐玄宗时，丽正收院、集贤书院皆建于朝省，为修书之地，非士子肄业之所也。”
先有皇家的书院，也就是皇家的图书馆，以后随着雕版印刷术的发展，随着庶族士人政治、经济地位的日益提高，在文化方面影响不断扩展，逐渐又出现了民间私人的书院、书堂、书楼之类的机构，也就是私家的图书馆。这都是士人藏书、读书的地方。这种机构在唐代已相当普遍，而具有教学性质的书院在此后才出现。唐代中晚期由于宦官乱政、军阀混战，官学废坏，士人只得避于山林，书院成了他们另一种精神的家园。再由于禅林大师讲经说法，四方僧徒、信士云集的影响，从而使上述这种私人藏书、读书的书院、书堂逐渐演化为具有教学、学术研究、祭祀、藏书、刻书等综合性文化功能的文化载体的书院。这就使过去仅有图书馆性质的书院或书堂发生了质变而成为具有学校性质的书院或书堂了。
唐代的私家书院，据《中国古代的书院制度》一书的作者统计，已发现28所，其存在时间多为晚唐，且为士人读书会友之处，聚徒讲学的功能尚不明显。
唐代私家书院分布以湖南、江西最多。洞庭湖以南，自古为“三苗之地”、“南蛮”之区，朝廷也将其作为罪臣贬谪之所。正是因为流风所被，无意导致文风渐兴，文明日开，尤其在安史之乱后，唐代经济文化重心南移，当时一些著名的文人墨客，如元结、李白、杜甫、韩愈、柳宗元、裴休、李泌等人都曾泛游湖南，对湖南书院文化教育的发展有很大影响。
如湖南光石山书院，在攸县司空山，建于天宝十三年（754）前，与寺观为邻，是湖南最早的书院。
耒阳的杜陵书院，因大历五年（770）杜甫客死耒阳，县人建院奉祀，故又称祠堂，后演变成书院。
南岳书院，为贞元年间李繁为纪念其父李泌曾隐居南岳而建。肃宗时，邺侯李泌隐居南岳烟霞峰，建端居室，韩愈诗称“邺侯家多书，架插三万轴”。今所见之“邺侯书院”，为近世重建的建筑。
南岳邺侯书院
衡山县南弥勒（宋时改称净福山）的韦宙书院，又称韦相公书堂。韦宙在宣宗时曾任永州刺史，退居后创建书院于弥勒山，作读书养老之地，还在山下建兜率寺。
天宁书院，在桃源县城东北。
两宋时期书院的兴起与繁荣
960年，后周大将赵匡胤在陈桥驿发动兵变，黄袍加身，建立了宋王朝。在宋初的80年间，宋王朝一方面南征北战，结束了唐末和五代十国以来长期分裂割据的混乱局面，另一方面则巩固中央政权，一时还无暇顾及文化教育事业，官学没有任何发展。但是，饱经乱世沧桑的文人学士，在海内承平的情况下，已产生重建读书风尚的愿望。于是，一批由私人创建的书院便兴盛起来，产生了白鹿洞、石鼓、应天府、岳麓四大书院（关于四大书院的名称，史籍记载有异，王应磷《玉海》以白鹿洞、岳麓、雄阳、嵩阳为四大书院，此处马端临《文献通考》里的记载）。
北宋景祐、庆历以后，随着朝廷历次大规模兴学，湖湘书院有官办书院、绅办书院和民办书院三种。北宋时期湖南的书院主要集中在湘北，这与当时洞庭湖平原经济的迅速发展有关。北宋三次官学运动对湖南书院教育产生了很大的影响，即书院官学化，如衡阳石鼓、湘阴笙竹二院分别改为州学、县学，岳麓、湘西二院与潭州州学构成“潭州三学”。这一方面反映出书院官学化的倾向，另一方面表明了书院的教学水平和教学质量高居州学之上，也开创了岳麓书院作为湖南高等教育基地的历史。至北宋末年，官办的州县学校渐起，书院或与官学合流，或者沦入沉寂。
进入南宋，书院教育逐步恢复，至理宗朝达到鼎盛。南宋书院教育的复兴，大体取决于程朱理学的发展。理学奠基于北宋，成熟于南宋，在南宋几起几落，虽曾几度占据大学讲席，但屡遭朝中权贵排抑。理学家们为专研学术，讲明义理之学，广泛传播自己的思想，扩大影响，积极发展书院教育，创办书院，宣讲性理，并以书院为论坛，争鸣学术，指论朝政。如周敦颐的推崇者、理学家胡安国及其子胡宏（今福建人）来到湖南，在湘潭、衡山、宁乡等地创办书院；胡宏的高足张栻（今四川人）又在善化、宁乡、衡山等地创建书院，讲学传道；乾道三年（1167），理学家朱熹（今江西人，后迁居福建）不远千里来湘访学，与张栻会讲。理学家们以书院为基地（其中又以岳麓书院为中心），在湖南传道、讲学，形成了独特的“湖湘学派”，对湖南书院教育的发展产生了重要的影响。湖南书院教育既注重先秦儒家道德，又注重把教育和个人修养结合起来，把儒家经典与实际结合起来，形成了传道求仁、践履求实、经世致用、兼容并蓄的学风，是中国古代教育史中的一笔宝贵财富。再则，南宋官学虽有国家资助经费，但往往流于形式，失其教学之实，士子游学，“非图啜哺以给朝夕，则假衣冠以诳流俗，迂阔于事，无补于时”（《续文献通考》卷五十《学校考十一》）。官学的不振，自然造成文化教育领域的空荒，同时科举制度的腐败，导致士学风气的堕落。一些志趣高洁、仰慕圣学的学者厌恶仕禄功利之学。而书院提倡高风气节，不为功名利禄折腰，自由讲学，专研学问，推崇修已至诚之道，与腐败的官学形成鲜明对照。而具有较高教学质量，形式灵活，学风生动的书院，便得到士子的青睐，获得较大的发展空间。此外，佛教禅林的影响和南宋印刷术的持续发展，也为书院振兴提供了客观有利的条件。
两宋时期，湖湘共有书院近70所，仅次于江西、浙江，分布在近30个县内，其中能判定为北宋时期的有12所，南宋时期的有44所，湖南南宋时期新建的书院是北宋时的3倍以上。且这一时期湖湘还拥有全国著名的岳麓、石鼓两大书院。
长沙岳麓书院是湖南最早授徒的书院，创办于公元976年。石鼓书院于997年由衡州李宽中读书故址改建而成。创办于1001年的长沙湘西书院，创办于1015年以后的湘阴笙竹书院、巴陵石鼓书院、衡山赵忭书院、慈利清溪书院、永明顾尚书院等都较有名。此外，醴陵、湘潭、宁乡、茶陵、衡阳、安仁、常宁、道州、平江、靖州、澧州、临武等地都建有书院。湖南书院以长沙、衡山、醴陵、平江、茶陵等地最多，大多数建于南宋。长沙岳麓书院、衡阳石鼓书院、湘潭碧泉书院（理学家胡安国、胡宏父子创办）、长沙城南书院（张栻创办）闻名全国。醴陵莱山书院、湘潭主一书院、衡山南岳书院、安仁玉峰书院、平江阳坪书院、靖州鹤山书院等在全国都有一定的影响。
南宋时书院的内容和功能有所扩大。两宋书院都有讲学、藏书、供祀活动，但南宋书院藏书、讲学的规模远远超过北宋，供祀的礼仪也较北宋完备。南宋书院形成了较完备的规章制度，其内容涉及书院的教学内容、方法、教学目的、培养学生的方向以及书院的日常行政管理条规等。
宋代书院实行教学与行政合一的体制。书院的“洞主”、“山长”既是书院最高的行政首脑，又是主要的讲席教师，多由当时著名的学者担任。如范仲淹曾为睢阳书院山长，主持讲席的同时，也为书院制定了一系列新的课业和管理规程；南宋朱熹先后主持白鹿洞书院、岳麓书院的教务，并为白鹿洞书院制定了学规。其余如南宋著名的学者胡宏主持岳麓书院教席亦属此列。
衡阳石鼓书院前“七贤”塑像
书院的经费大多采用学田供养制。早在五代南唐时，李煜就曾割善田数十顷赐作白鹿洞书院学田，宋立国后，暂无力顾及振兴官学，就对著名私学采取“赎买”政策，皇帝对这些私学采取钦赐《九经》、匾额或田产的办法进行扶待，始有私办官扶的宋初书院的诞生。北宋仁宗朝也曾赐给部分书院学田。书院将学田租给附近农民耕种，岁收租廪充为养费。南宋书院经费多为自筹，来源为私人捐助，或经官方允准，拨寺观和闲地充为经费。
衡阳石鼓书院远眺
书院除讲学和藏书之外，供奉先圣、先师、先贤的祀典，也是其重要的职能。宋代学者郭若虚认为：学校奉祀先圣、先师、先贤，并为其绘像表赞，目的在于“指鉴贤愚，发明治乱”，并具有“敦劝生徒，繇兹大化”、“与六籍同功”的作用（《图书见闻志·叙自古规鉴》）。宋代中央官学及州县学校多设祀典，供奉先圣先师，或在德行、政绩、学业某一方面有可鉴于教化的先贤、官吏以及神灵等等，奉祀对象不拘常格。宋代书院也同样设置祀典，除祀孔子之外，北宋书院多祀本院的初创者。南宋书院南于多由理学家创办，故其祀典也多奉北宋周、张、二程诸子，以彰明尊崇道统的含义。而某一学派创办的书院也往往供祀本学派的宗师。
宋代书院实行自由讨论学术的教学方式，并强调自学为主，师生共同研习学问，办学风格较为开放，气氛活跃。学生可不拘于一家一派之学，自由择师，来去自由，故尔学生的思路也比较活跃，眼界也更加开阔。诸如浙东奉化舒朝少向张栻问学，以后又先后追随陆九渊、朱熹、吕祖谦求学，终成大器，时人称之为“当今第一教官”。信州玉山（今属江西上饶）人汪应辰少从吕居仁读书，以后历拜胡安国、张栻、吕祖谦为师，求得“造道之言”，终成绍兴五年（1135）殿试状元。书院自由拜师求学的风气，显然是与理学家的倡导和教育实践分不开的。宋代书院讲学也颇为开放，讲学之师不限于本院教师，凡当世名儒、诸家学派的代表人物，都可应邀开座讲学，且不受资历和年龄的限制。诸如：南宋理学诸派中，朱、陆各立门户，相互辩难，但朱熹主持白鹿洞书院，也邀请陆九渊前去讲学，朱熹竹林精舍作成，也邀请学生黄干代即讲席。这种相对自由开放式的教学制度，使得书院往往成为名师荟萃的学术中心。
学规是宋代书院综合治校的立法依据。学规不仅制定书院教学的宗旨、培养学生的目标，限定学生的行为准则，而且在观念上具有塑造学生思想模式的作用。以朱熹的《白鹿洞书院教条》为例，它首先规定了书院教育的目标，是使学生明了父子、君臣、夫妇、长幼、朋友之间的封建伦理关系法则，要求学生敬敷此“五教”。其次规定为学的次序：博学、审问、慎思、明辨、笃行。再次规定修身、处世、接物之要，大体不过是忠恕仁义、改过迁善、明道非利之类的伦理说教。朱熹的《白鹿洞书院教条》，规定了书院教育的目的、宗旨、内容和方式，成为以后历代书院制度模拟的范本。
元代时期书院的恢复和发展
蒙元亡宋以后，汉、蒙之间的民族矛盾加剧，不少汉族的儒家学者，不愿到元朝的政府部门做官，也不愿到元朝所设的官学中去任教，甚至不愿让自己的子弟到官方所设立的学校去就读，于是他们退而自立书院，招收生徒讲学。面对这种情况，元朝统治者吸取辽、金两朝的统治经验，采用了较为开明的文教政策，因势利导，对各地书院的建立和恢复加以鼓励和提倡，并将书院与地方路、府、州、县官学同等看待，将书院山长列为朝廷正式命官，制定考选升迁等制度，归官府统一管理。行中书省事杨惟中，从皇子库春（又译名为“阔出”）伐宋时，就曾搜集大量宋儒所著的书籍送回燕京（今北京市），并于元太宗窝阔台登基后的第八年（1236），在燕京立宋代理学鼻祖周敦颐，创立太极书院，延请名儒赵复、杨粹到书院讲授程朱理学，这是元代政府建立的第一所官方书院。至元二十八年（1291），元世祖在关于江南诸路学及各县学内设立小学的诏书中，明文规定：“先儒进化之地，名贤经行之所，与好事之家出钱粟赡学者，并立为书院。”这是元世祖忽必烈对书院的承认和提倡，也为汉族士大夫及其子弟开辟了一条出路，化消极因素为积极因素，不仅缓和了汉族知识分子的反抗情绪，而且为他们提供了研究学术和讲学、求学的场所，利用他们的文化知识，为发展元代的文化教育事业服务。因而从此以后，书院这种有别于官学的民间教育机构，在元朝就更加兴盛起来。
湖南书院教育在此期间也得到相应的发展，书院由官府兴复或民办或官府扶植资助私建，有书院41所，位居全国第三。
岳簏书院在元初战乱中遭到严重破坏。元中期，潭州学正刘必大主持重建，恢复了宋代旧貌。延祐元年（1314），潭州路判刘安仁再次全面整修岳麓书院，使岳麓书院焕然一新，规制整齐、宏伟。元代岳麓书院先后由张厚等人任山长，继承了培养经世致用人才为目的的办学思想，仍为各地书院的楷模。
衡山石鼓书院、南岳邺侯书院都按南宋规制办学，得到整修、兴盛。元代湖南还重建和修复了湘乡涟滨书院、衡山南岳书院、安仁清溪书院、道州濂溪书院、常德沅阳书院、兴宁观澜书院、龙阳（今汉寿）龙津书院和宁乡莱山书院。
元代，湖南各地新建的书院主要是长沙乔江书院、长沙东冈书院、浏阳南台书院、益阳庆洲书院、攸县凤山书院、茶陵紫微书院、茶陵东山书院、祁阳浯溪书院、武冈儒林书院、澧州道溪书院、慈利聚奎书院、安福道溪书院和永定天门书院等。
元代，长沙仍是湖南书院分布的中心地带，澧州、常德、衡阳书院数量也较多。澧州书院数量仅次于长沙，这与洞庭湖地区经济较为发达有密切关系。
元代书院的突出特点是官学化。政府对书院的师资任用、组织管理乃至经费供给等都加以控制。书院的山长和官学的学正、学录、教谕一样，须经礼部、行省或宣慰司任命或在朝廷备案，即使是边远地区，也概莫能外。书院的经费由政府划拨的官田和私人捐助的田产供给，但由官府掌管。书院的学生要任政府官职，也由政府考核任用。元朝政府对书院的严加控制，主要是出于巩固封建政权的目的。书院在管理、财政、人事、教材等方面受到政府的控制，在一定程度上限制了书院学术思想的活跃；但另一方面，也正因如此，教师任免、学生来源、财政收入、教学秩序等才得以制度化，有了可靠的保证。这种鼓励社会办学，政府从客观上加以管理和进行具体指导的做法，在今天对我们仍有积极的借鉴意义。
程朱理学形成于宋代，但它真正成为封建统治者的官方统治思想却是在元代。元代书院的另一重要特点是以儒家经典，尤其是程朱理学作为教学的基本内容，而且书院祭祀的对象也是以理学家为主。除在文庙祭祀孔子、孟子等先哲外，元代最早建立的太极书院，设立周子（周敦颐）祠，就以朱熹等六君子配祭。
由于元代书院都是以儒家经典《四书》、《五经》和朱熹等人的注解为教学内容，这就使得书院成了科举的附庸，必然钳制读书人的思想，使他们“存天理，灭人欲”，知足常乐，安份守己，不敢有非份之想。而这样，正是适应了元朝统治者禁锢人民思想、淡化民族意识、维护其封建统治的需要。湖南书院教育亦以程朱理学为主，重义理、轻词赋，适应了统治者高度重视理学的需要，湖南也因此成为全国科举考试的先进地区，出现了科举盛况。
明代时期书院的蓬勃与隐忍
明朝开国之后，朝廷为个别元代遗留下来的书院任命了山长，批准了一些官员建立书院的请求。例如，洪武元年（1368），明太祖为前朝遗留下来的洙泗和尼山书院任命了山长。但是，明朝没有沿袭宋元的制度，而把书院作为官办地方教育的法定组成部分，建立全国统一的官办书院系统，其书院多数是地方官自己开办，少数是百姓建立的。这是明代书院发展的重要特点。
书院教育的这种沉寂状况在明武宗正德年间（1506—1521）开始改变。明朝把程朱理学作为正统学说。但在专制社会里，统治者和被统治者是完全不平等的。明统治者只是要求人民遵守程朱的伦理原则，抑制物欲，而他们自己却无法无天。从明英宗天顺时期（1457—1464）起，朝廷的腐败日益明显，正德皇帝荒诞不经，甚而导致了宦官和权臣专擅朝政等严重问题，造成了一些思想家对程朱理学的失望。他们发现了程朱理学的理论缺陷，转而提倡和发展非正统的心学，并特别强调实行，希望能加强对人们行为的约束。这时影响最大的心学大师王守仁和湛若水走上了历史前台。程朱理学曾经是一种生气勃勃的理论，但在南宋后期被朝廷定为正统思想以后，就变为不容争议的神圣学说。经过统治者两个多世纪的强行灌输，到明代中期已经成了令人生厌的僵死教条。因而在王守仁、湛若水等心学大师批判程朱理学，提出他们的新观点时，人们的精神为之一振：“当士人桎梏于训诂词章之间，骤而闻良知之说，一时心目俱醒，犹若拨云雾而见白日，岂不大快！”（顾宪成《小心斋札记》卷三）在心学大师和他们的学生的努力下，书院教育在正德和嘉靖年间（1506—1566）迅速发展，在全国产生了相当大的影响。而明代中后期热心书院事业的官吏们，不论是文官、武官还是医官，在思想上大都偏离于中央官方哲学——程朱理学，而倾向于王、湛的“良知”与“体认”之学，他们或者是王、湛的狂热崇拜者，或者干脆就是王、湛的门徒，其建院讲学的举动渗透了个人因素而不代表官方的意志。因而它不为最高当局所理解，或被斥为伪学、逆党，或被指为费财扰民，招致了嘉靖、万历、天启的禁毁。
明代前期，政府对书院“无令无禁，学者藏修息游，不于学校则于书院”。但在历史文献中我们还是可以看到嘉靖皇帝赐给各地书院御书匾额的记载，岳麓书院也于嘉靖九年获御制敬一等箴。这暗示了皇帝对书院的赞赏和支持。但有明一代，“书院之建非制也”，它毕竟没有得到朝廷的正式认可。正德、嘉靖以来，当它再一次与学术形成一体结构，成为批判官方哲学的王、湛之学的研究和宣传阵地，并进而演变成包括中下层知识分子在内的在野人士讽议朝政、要求政治权力的大本营时，就得遭遇禁毁之祸了。据查，明代三毁书院，打击学者自由讲学之风，但书院禁毁方面，湖南只有东安清溪、长沙惜阴、慈利月川三书院受害，而仅月川一处真正被废，清溪、惜阴则分别改为景濂精舍、陶公祠，讲学依然，名亡而实存。这说明封建专制主义践踏学术自由的不得人心，虽张居正权重一时，魏忠贤势倾天下，亦不能绝禁书院。不独禁而不止，顶着压力创建书院的也大有人在，如平江人喻志儒，万历初年致仕归里，“其时张江陵当国，恶世俗讲学，沼尽废天下书院。先生生其时，能独行其志，为举世所不敢为”，“建文峰书院，为群从子弟藏息之所”。正是喻志儒们的努力，使嘉靖、万历之世，反成湖南书院发展史上的两个高潮。这种禁毁于上、创建于下的局势，从另一个侧面昭示着地方官绅与中央政权在思想上和政治上的分离，反映出明末政治的腐败趋向。
值得指出的是：明代湖南各府、州的区域范围比以前有较大变动，如将澧州及属县划归岳州府管辖，桂阳州及属县归衡州府管辖，使岳州、衡州的地区范围扩大，常德府与郴州属县减少，区域的变动势必影响各府、州的综合实力。从各地的书院分布看，衡州府以31所书院超过长沙位居全省第一，但桂阳州及属县的书院有9所，说明长沙与衡州两府实力在伯仲之间，都处于全省书院分布的中心地带，秉承了宋元以来的优势地位，两地的书院数为明代全省书院数的44％以上，其核心地位不可动摇。但明代湖南书院分布相当广泛，全省每个府、州都立有书院，特别是边远的辰州府，明代之前，鲜有书院的记载，而明代辰州府以12所书院名列全省第四，这是一个十分了不起的成就，也标志着湘西少数民族地区的文化教育有了很大的起色。明代全省56个县中，有53个县设立书院，已遍布三湘四水的各个角落，其分布之广泛，亘古未有。
这批新建书院是：长沙府的善化惜阴书院、湘阴仰高书院、宁乡玉山书院、茶陵云崖书院、茶陵洣江书院；衡州府的衡山文定书院、衡山甘泉书院、衡山集贤书院、衡山东廓书院、南岳九龙书院、耒阳白石书院、桂阳州的蒙泉书院；永州府的宗濂书院、东安清溪书院、宋远崇正书院、宁远会濂书院；宝庆府的爱莲书院、城南书院、新化文昌书院、武冈鳌山书院；岳州府的华容尤峰书院；辰州府的崇正书院、沅陵虎溪书院（又名阳明书院）；沅州府的明山书院。
在此期间，湖南书院发展亦随之几度兴废。岳麓书院经过四次重建、修复，于弘治九年（1496）重新授徒讲学，并逐渐兴旺起来。正德三年（1508），攸县人陈论任山长。陈论任山长期间，开设了“习射”课程，并首编《岳麓书院志》，对岳麓书院的发展作出了较大的贡献。明嘉靖年间，岳麓书院得到官方的大力支持，规制比宋元两代更为宏伟、功能更为完善，出现“振美一时”的景象。至明末，岳麓书院在湖南乃至全国都是有名的书院，培养了大批人才，著名的大思想家王夫之即出自岳麓书院。
明代湖湘书院的教学内容，在明中叶以前与宋元两代基本相同，以儒家经典为主要教材；明中叶以后，王学成为一项重要教学内容。王学又称致良知之学，是以王阳明为代表的学者所创立的学说。王阳明及其弟子先后来岳麓书院等地传播王学，虽然没有取代程朱理学在湖南的地位，但丰富了书院的教学内容，促进了书院的发展。明代，湖南书院保持了宋元以来的会讲制度，整合不同学派、不同思想，为学术的传播提供了空间，体现了湖南书院文化兼容并蓄的传统。
清代时期书院的普及和演变
清代书院的发展可以分为三个时期。从顺治元年（1644）至雍正十年（1732）为前期。清政权定都北京之后，沿袭明代的传统，没有建立全国统一的书院系统。为了防止人民结社传播不满言论，顺治九年（1652），朝廷命令各地只能由官办学校讲授正统的程朱理学，不准创办书院：“各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理著实讲求，躬行实践，不许别创书院，群聚徒党。”
王夫之像
专制政权法令的制定和推行一向带有强烈的个人随意性。清朝不准创办书院的禁令实施得并不好。顺治十四年（1657），允偏沅（后归属湖南）巡抚袁廓宇之请，修复石鼓书院，以“表章前贤，兴起后学”。各地书院因之开始修复和创建。康熙二十五年（1686），皇帝又将御书“学达性天”匾额和经史书籍颁赐给白鹿洞书院和岳麓书院，这对书院的发展又是一个良机（《清朝文献通考·学校考七》）。
由于没有统一的书院制度，办学者有比较多的自由。虽然这时书院多数由地方官开办，但一般都请有名望的学者主持，教学质量比较高，教学内容也不拘一格。尽管如此，直至雍正十一年（1733）以前，清最高统治者仍未对书院采取明确的大力兴办的政策，对书院发展仍抱犹豫观望态度。
雍正十一年（1733）至道光十九年（1839）是清代书院发展的中期。在书院教育逐渐兴起之后，朝廷就设法加强管理和控制。雍正十一年（1733），清政府开始建立全国的官办书院系统，命令各省在省会开办书院。随后官办书院发展到府、厅、州、县，书院的山长改称为院长。朝廷颁布法令，对书院院长和教师的选用、学生的审查录取以及教学内容和考试都作了统一规定，要求书院依照朱熹的《白鹿洞书院教条》制定学规，根据程朱学派的《读书分年日程》安排教学，而每月的考试则以八股文为主。于是强大的官办书院网络把全国的书院教育纳入了政府的正统教育之中。湖南书院教育也相应地得到发展，书院数量仅次于浙江、四川、广东、江西，名列全国第五。有修建、恢复年代可考的达180余所，其中恢复较早的书院是岳麓书院，它得到皇帝的重视、嘉奖，得到地方官的支持，其发展状况为历代所不及。岳麓书院在全省范围内招生，考生是通过童子试合格的秀才。湖湘书院教育制度日趋完备，教育功能明显提高，社会影响和成就都盛况空前。
但清政府把书院列为地方官办教育的法定组成部分之后，书院已经跟当时的州县学没有多少区别。程朱理学的观点到清代已经成为陈词滥调，一些不愿人云亦云的学者转向对儒经本身进行考证，这种风气在乾隆和嘉庆年间（1736—1820）最为盛行，因而那些考据学家被称为乾嘉学派。
道光二十年至光绪二十七年（1840—1901）是清代书院发展的后期。这个时期的书院可以分为四类。第一类是教习正统的程朱理学和八股文的书院，它们在全国书院教育中仍占主导地位。第二类是前一个时期开始出现的教习经史考据的书院。访经精舍和学海堂这时继续开办，受它们的影响，各地先后建立了一些类似的书院。道光二十年（1840）爆发了鸦片战争，清朝被工业化国家的军队打得一败涂地，中国处于严重的危机之中。在这样的情况下还引导学生做死板无用的八股文固然可恶，继续要求学生埋头于训访考据也不那么值得称道了。面对严峻的局势，一些书院试图讲授“经世致用之学”。它们仍然以儒家经典为主要教学内容，但试图把它们当做能够对付当时形势的政治学著作，并增加了一些新的课程。它们是这个时期的第三类书院。光绪二十一年（1895），书院又进行改革，一是要求全体学生都学习数学，二是在书院中建立时务斋。这个斋的宗旨是使学生了解国内外形势，在中国传统文化中寻找对策，“求其补救之术于经史”。制度规定时务斋的学生用每天三分之一的时间学习儒经和中国史籍，三分之一的时间学习西方国家的语言、社会、历史和科技知识，三分之一的时间娱乐和休息。这当然是改革中国旧教育的积极探索，但办学者坚持以儒家学说为指导思想，认为“孔孟之教未必不可以雄驾谙洲”。
1903年，清王朝命张百熙、荣禄、张之洞等以日本学制为蓝本，重新拟订学堂章程，于1904年1月公布，即《奏定学堂章程》，亦称“癸卯学制”，这是中国第一个以法令形式公布，并在全国推行过的学校教育系统。“癸卯学制”的颁布实行，标志着中国几千年遗留下来的包括官学、私学、书院的旧的学校教育制度的终结，近代的新型学校教育制度在形式上正式确立，从而完成了中国学校教育由古代到近代的历史性的转变。尽管如此，还是有一些人依恋书院制度，如湖南衡阳王闿运主持的船山书院，就执意不改学堂。但书院作为一种特殊的教育制度已不复存在了。
